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《区域经济伙伴关系协定》（“RCEP协定”）内容终确定的背后，是有着不同国情和利益考量的各成员漫长的谈判。知识产权部分作为谈判的核心领域之一，更是经历了艰难、反复的磋商。虽然未能与其他成员一起签署协定，有着“世界药房”之称、生产了全球三分之一的仿制药的印度参与了协定的谈判，RCEP协定下医药领域因牵涉到全球医药产业的重大利益而广受关注。这其中涉及医药专利保护主要有如下四个关键问题：授予药品专利的条件、药品试验数据保护、专利链接制度和药品专利期补偿制度。
在RCEP协定第十一章知识产权章节中，明确将《与贸易有关的知识产权协定》（“TRIPs协定”）作为主要参考内容。同时，中国签署RCEP协定可以在一定程度上视做是对跨太平洋伙伴关系协定（“TPP协定”）的应对反应。2017年1月23日美国政府宣布退出TPP协定后，其余十一国达成的新协定被命名为《与进步跨太平洋伙伴关系协定》（“CPTPP协定”）。根据联合声明，CPTPP新架构共识将保留原TPP超过95%的项目，而其搁置的二十多条条款中，有多达11条与知识产权有关。原TPP协定对知识产权的保护力度之高可见一斑，这些原已获通过的知识产权条款因此极具参考价值。有鉴于此，通过对RCEP协定、TRIPs协定和TPP协定三个协定文本中对有关前述四项问题的规定进行比较，可以更好地理解RCEP协定下医药领域知识产权保护的状况。
一、 可授予专利的条件
RCEP协定第十一章第三十六条款规定“无论产品还是方法，只要此类发明具有新颖性、包含创造性步骤并且能用于产业应用的，都可以获得专利” 。实质上与TPP协定和TRIPs协定的专利授予条件保持一致，即应当满足新颖性、创造性和实用性三方面的要求。
所不同的是，TPP协定在此基础上进一步规定，对于已知产品的新用途，使用已知产品的新方法，或使用已知产品的新工序可以获得专利。此处的已知产品，自然包括了已上市、获得了专利权的药品。此类规定，当然可以看作是对于涉及生命健康的药品专利审查的审慎对待，但是如此宽松的专利授予条件无疑提供了比TRIPs协定和RCEP协定更高的专利保护力度，更有利于TPP协定的原主导国美国等专利出口大国。不难想象，主要源自发达国家的药品原研企业只需要凭借其较长时间和较强实力新药研发的优势，及时对药品稍加变更就能够获得全新的专利保护，其甚至可以战略性地不公布产品的一部分用途、使用方法，以达到变相延长专利保护期、长期享受专利利益的效果。这无疑不利于廉价仿制药在原药品专利到期后进入市场，甚至可以说其效果是与专利制度有限度保护的基本原则相悖的。
针对这一问题，我国国家食品药品监督管理局2007年公布的《药品注册管理办法》第十二条第二款规定：“对已上市药品改变剂型、改变给药途径、增加新适应症的药品注册按照新药申请的程序申报。”据此可以认为，我国为鼓励药品创新，给予原研企业更高的专利保护，专利的授予条件比RCEP的规定更加宽松。
二、 药品试验数据保护
药品原研企业的药品研发，尤其是临床试验的实验结果数据往往是其投入巨大的时间、金钱成本后才得出的。对此类数据的保护原本主要依靠商业秘密制度进行，但在巨大的利益牵动下，美国率先在药品本身有专利保护和商业秘密保护的基础上更进一步，创造了对药品研究实验数据进行特殊保护的专有权利，即药品数据独占权。这一权利的建立意味着，即使专利申请失败，相关研发、临床实验数据也可以受到这一权利的单独保护。同时，数据即使没有被利用在专利申请中公开而处于保密状态，其也可以获得保护商业秘密之外的另一项更强有力的保护。在美国，数据独占权长达十二年，而在其推进的TPP协定中，对一般药品的数据保护至少五年，对生物制品的保护更是长达八年。
TRIPs协定第三十九条第三款规定：“各成员如要求提交需相当努力才可获取的未公开的试验数据或其他数据作为批准销售使用了新型化学成份而制造的药品或农业化学品的条件，应对该类数据提供保护，以防止被不正当地投入商业应用。此外，各成员应保护这些数据免遭公开，除非为保护公众的需要，或除非已采取措施确保该数据不被不正当地投入商业应用。”由这一条款可以看出，TRIPs协定虽然要求成员国对“需相当努力才可获取的”且是“未公开的”试验数据或其他数据进行保护，但是只针对采用化学成分的一般药品的“不正当商业性使用”，并未提及生物制品，也没有如TPP般提出至少五年的保护期限。由此可见，TRIPs协定下并不是以数据独占权这一单独权利模式对数据进行保护，而只是强调了各成员国在进行药品注册审批时的保密义务，这一性质差异导致了TRIPs协定并不像TPP协定中规定的一样对已公开的数据也可进行保护，对这类数据的保护仍然主要靠商业秘密保护制度。
反观RCEP协定，仅在十一章第五十六条有关未披露信息的保护中规定各成员应当根据TRIPs协定第三十九条第二款的规定（即商业秘密保护规定）对未披露的信息提供保护，明确剔除了TRIPs中对药品数据保护的强调。比之较TPP协定已经力度大降的TRIPs协定，RCEP对药品数据的保护的力度更低。事实上，在RCEP协定磋商阶段，为保护药品原研企业试验数据，日本、韩国提出，如果申请注册的药品含有的新化学成分依赖于或参考了原研企业的试验数据，则应当拒绝其注册。这实际上是提出了纳入数据独占权，但该提议遭到了中国、东盟、印度、澳大利亚和新西兰的反对。
三、 专利链接制度
药品专利链接制度发源于美国1984年的《药品价格竞争与专利期补偿法》（Hatch-Maxman Act），对该制度通俗的理解就是将药品审查与药品的专利状态链接到一起，其核心在于药品注册审批部门与药品专利管理部门的职能链接。对于可能存在专利侵权的仿制药，药品注册审批部门要求其提供一定的材料、证明，证明其不侵犯原研药品专利权或者“挑战”原研药品专利权成功，方允许其上市。
同样地，TPP协定中纳入了专利链接这一制度。TPP协定要求成员国须从下述两种具体专利链接方式中选择一种：一、药品注册审批部门在收到可能存在侵权的注册申请时通知专利权人，使其得以通过司法或行政途径寻求救济，这也是美国本身所采取的链接方式；二、药品注册审批部门依据专利权人提交的或与药品专利管理部门协作得到的专利信息，直接拒绝任何未经专利权人许可且被认定为侵犯专利权的药品注册申请。毫无疑问，这一制度为原研药品专利权人提供更加周全的保护，但无疑对仿制药制造商非常不利，其在申请注册药品时需要立即面对沉重的法律成本及相当的不确定性。
不难看出，专利链接制度对于两大政府部门：药品注册审批部门与药品专利管理部门，甚至是司法部门，提出很高的职能协作、信息共享化要求，这在连专利审批制度本身都存在很大问题的发展中国家中很明显是难以做到的一项制度。可能正因为如此，同时也有鉴于其强大的专利权保护力度，这一制度在TRIPs协定和RCEP协定中均未提及。
四、 药品专利期补偿制度
药品作为关乎生命健康的商品，世界各国对于首次上市药品自然保持应有的审慎态度，均要求进行临床试验并通过一系列的审批手续，故注册时间普遍较长。TRIPs协定在强调成员国应当精简程序、提率的同时，也在第三十条规定成员国对专利的保护期限不得短于自申请日起二十年。虽然可以认为TRIPs这里所规定的二十年时间已经将药品专利申请中可能遇到的各种审批程序耗时、延误考虑了进去，美国等国家仍然更进一步，规定了对审批程序占用的专利寿命进行补偿的制度，并推动TPP协定通过了这部分条款。
药品专利期补偿制度变相延长了药品专利保护期限，使得等待药品专利过期后合法上市的廉价仿制药上市时间推迟，对于药品研发企业有更好的激励作用，但不利于对于公众获得廉价，因此更有利于药品专利输出国。在RCEP知产章节磋商阶段，日本、韩国主张对药品专利实行长不超过五年的专利期补偿制度，该制度同样受到了中国、东盟、印度、澳大利亚和新西兰的反对，并终未纳入协定。
通过对RCEP协定、TRIPs协定和TPP协定三个文本中对四个重点问题的规定的比较分析，可以看出RCEP协定下对于医药知识产权的保护力度较小，相关规定偏原则化，这无疑与RCEP成员国的医药产业背景、医药专利制度现状存在着极大的差异有很大关系。其对医药知识产权的保护力度与TRIPs协定相比尚显薄弱，与被称为“超TRIPs（TRIPs PLUS）”的TPP协定相比更是不可同日而语。虽然TPP中的很多保护手段因为其的强度而被全球多数的发展中国家和不发达国家，以及部分发达国家所排斥并终被搁置，但在全球知识产权保护水平日趋提高的今天，应当清醒地认识到，也许终“超TRIPs”状态才是知识产权的整体走向，及早完善相关制度以积极应对这一趋势是才是正确的发展道路。